永乐丁酉（1417），谷王朱穗（朱元璋第十九子）谋反事发。吕震因为前一次没有扳倒尹昌隆，就乘机陷害尹昌隆。吕震密令女儿练习尹昌隆的字迹，仿照笔迹伪造信件，诬告尹昌隆与谷王同谋。当时，灌塘村正做好尹氏祠堂不久，吕震诬告尹昌隆建生祠。灌塘人得知这个信息，为了不让吕震阴谋得逞，保护族人，村民立刻上山采来新鲜松枝，利用松枝油性大的特点，连熏了几天几夜，把祠堂的木材熏黑，并要求村民都说祠堂是很久以前就建好的旧祠堂。但是这并不能救尹昌隆，因为吕震女儿模仿尹昌隆的笔迹非常像，有了和谷王书信来往密谋造反的“铁证”，尹昌隆被处以极刑，夷其家族。临刑前，尹昌隆咬破手指，用血在衣衫上写下一首绝命诗：“吾今四十九年春，岂料奸权害此身。虎穴定为冤枉鬼，鸡窗空作读书人。妻儿哪忍肝肠断，兄弟难忘骨肉亲。寄与家庭诸长者，吾今有屈屈难伸。”全诗峻切悲怆，抒发了忠臣被杀戮、含冤无处诉的沉痛心情。接着尹昌隆历数了吕震的罪状。不过尹昌隆死后，吕震的日子也没好过，也许是内心有愧，终不得释。据说在其病重期间，恍惚见尹昌隆坐守，吕震连连叩头惊呼：“尹相，尹相。”妻子将其唤醒，问其缘故，吕震满面惊恐说：“尹昌隆欲杀我。”说完竟死了。直到吕震死后，尹昌隆的冤案才得以昭雪。仁宗皇帝听到后说“是杀朕师者。”便派人寻找到尹昌隆的儿子，赐与御马送回家乡。
      尹昌隆为人耿直，二十年仕途生涯，为官清廉，廉洁自守。在他担任御史时，巡抚闽中，劾贪官，理冤案，风纪肃然，颇有政绩。